基于DNA序列混沌游戏表示的相似性分析

journal6 ›› 2009, Vol. 30 ›› Issue (3): 31-34.

基于DNA序列混沌游戏表示的相似性分析

(1.中南林业科技大学理学院,湖南长沙 410004;2.湘潭大学数学与计算科学学院,湖南湘潭 411105)

出版日期:2009-05-25 发布日期:2012-04-23
作者简介:石龙(1980-)，男，湖北监利人，中南林业科技大学理学院数学教研室助教，硕士，主要从事计算生物学与生物信息学研究.
基金资助:
湖南省教育厅科学研究项目（08C882）

Similarity Analysis Based on Chaos Game Representation of DNA Sequence

(1.School of Science,Central South University of Forest and Technology,Changsha 410004,China;2.School of Mathematics and Computational Science,Xiangtan University,Xiangtan 411105,Hunan China)

Online:2009-05-25 Published:2012-04-23

摘要/Abstract

摘要：基于DNA序列的混沌游戏表示，利用对应测度矩阵的最大特征值组成的6维向量来刻画DNA序列，并利用向量间的相关距离对11种物种的beta球蛋白基因的第1个外显子编码序列进行相似性分析，所得结果与生物学中的进化关系基本一致.

关键词： DNA序列, 混沌游戏表示, 测度, 相关距离, 相似性分析

Abstract: Based on chaos game representation of DNA sequence,the authors obtain a 6-component vector whose elements are the leading eigenvalues of corresponding measure matrices to represent the DNA sequence.The correlation distances among introduced vectors are applied to compare the similarities of the coding sequences of the first exon of beta globin gene of 11 different species.The results are basically coincident with their evolutionary relationship.

Key words: DNA sequence, chaos game representation, measure, correlation distance, similarity analysis

石龙, 黄海兰. 基于DNA序列混沌游戏表示的相似性分析[J]. journal6, 2009, 30(3): 31-34.

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